Parafia w Trzciannem powstała przed rokiem 1496. Precyzyjnej daty tej fundacji, w świetle dostępnych źródeł, nie sposób ustalić. Wiadomo natomiast, że we wspomnianym 1496 r. świątynia w Trzciannem już istniała, gdyż wówczas właśnie, wielki książę litewski Aleksander dokumentem z 2 maja uposażenie kościoła świętych Apostołów Piotra i Pawła powiększył. Tenor tegoż pisma nie wskazuje jednak jednoznacznie, że wspomniany kościół był już świątynią parafialną. Ponieważ jednak Trzcianne, jako miejscowość istniała już z pewnością w 1451 r., można uznać za wielce prawdopodobne, że kościół zbudowano tu w 2. połowie XV w. Parafia istniała z pewnością w początkach XVI stulecia, za czym przemawiają kolejne nadania Aleksandra z 1501 i 1504 r. oraz fundacja altarii dla kościoła parafialnego autorstwa wójta trzciańskiego Andrzeja. Według zapisu z 1522 r. pierwsza świątynia w Trzciannem była zbudowana z drewna i zawierała w sobie 2 kaplice z jedną altarią.
Kolejny nowy kościół, również drewniany, zbudowano za rządów proboszcza, ks. Seweryna Jeżewskiego w latach 1613-1614, gdyż stary „zbutwiał”. Poświęcił go biskup wileński Eustachy Wołłowicz w październiku 1614 r. Świątynia ta w wyniku wojen XVII i początków XVIII stulecia uległa dewastacji i popadła w ruinę do tego stopnia, że jedynie z ogromnym wysiłkiem udało się ją odbudować i – zdaje się – znacznie rozbudować jeszcze przed 1737 r., co było w dużej mierze zasługą ówczesnego proboszcza, ks. Jana Szymona Fursza. Świątynia ta istniała krótko, gdyż w 1746 r. spłonęła od uderzenia pioruna. Budowy kolejnego kościoła, drewnianego, utrzymanego w styku barokowym, podjął się, na wyraźne polecenie biskupa wileńskiego Michała Zienkiewicza, proboszcz, ks. Melchior Cimski. 
Świątynia w stanie surowym była gotowa już w roku następnym, chociaż jej wyposażenie zajęło kolejnych kilkanaście lat. Obecny kościół parafialny został wzniesiony staraniem proboszcza, ks. Wawrzyńca Walickiego, w 1846 r. przy wydatnej pomocy finansowej rodziny Ołdakowskich i ze środków zgromadzonych przez wiernych. Poświęcił ją w 1850 r., z polecenia biskupa wileńskiego, Wacława Żylińskiego, dziekan białostocki, ks. Bartłomiej Byliński, zaś konsekrował biskup wileński, Adam Stanisław Krasiński w 1860 r. Dzwonnicę, klasycystyczną trzykondygnacyjną zwężającą się ku górze budowlę z łupanego kamienia, zbudowaną na planie kwadratu z przysklepioną kolebkowo bramą, wzniesiono w 1873 r.
Kościół rozbudował w latach 1949-1950 ks. Stanisław Szczemirski, dodając po bokach pomieszczenia, przypominające ramiona transeptu. Zbudowano pięć nowych dębowych ołtarzy: św. Piotra i Pawła, Świętej Rodziny, Matki Bożej z Góry Karmel i Serca Jezusowego. Witraż z Duchem Świętym w głównym ołtarzu wykonał Jacek Białoskórski. Pozostałe witraże, przedstawiające polskich świętych, są dziełem Tomasza Łączyńskiego.
W 1992 r. przeprowadzono generalny remont kościoła, a w następnych latach odremontowano plebanię. Za czasów proboszcza, ks. Kazimierza Skorulskiego, przeprowadzono prace remontowe i konserwatorskie świątyni, zmodernizowano plebanię, oczyszczono i uporządkowano otoczenie kościoła, plebanii i domu parafialnego.
